药学系成立于2006年，开设有药学、中药学、药品生产技术、药膳与食疗等4个高职专业及药剂、中药两个中职专业，其中药剂专业为国家示范校重点建设专业、江西省精品专业、赣州市领先学科，现有全日制在校学生1873人。

 药学系设有药学教研室、药理教研室、中药教研室等3个教研室，有校内专兼职教师（含实验实训指导教师）47人，其中专职教师35人、兼职教师12人，博士研究生2人、硕士研究生26人，高级职称13人、中级职称25人、初级职称9人、“双师型”教师23人。长期从高校、医院和药品企业聘请具有丰富实践经验的技术人员12人为兼职教师，充实了师资队伍。近3年，教师有国家、省、市级立项课题122项，主编和参编各类教材21部，发表论文138篇，在国家、省级教学技能竞赛等赛事中获奖21人次。

药学系拥有优质的校内实训条件，建有3600平方米的药学实训中心，设有药剂实训室、药理实训室、药物化学实训室、药物分析实训室、天然药物实训室、中药炮制室、中药调剂室、中药显微鉴定室等专业实训室和模拟制药车间、模拟药房、中药标本馆等多功能实训中心，配备高效液相色谱仪、气相色谱仪、紫外-可见分光光度计、数字旋光仪、三用紫外分析仪、阿贝折射仪、药物溶出度仪、片剂崩解仪、永停滴定仪、压片机等实训设备，仪器设备总值达到742.7万元。

药学系与江西青峰集团、江西大参林药业集团、江西昌盛大药房有限公司、江西洪兴大药房有限公司等企业深入合作，组建订单班共育人才，共建校企实训中心；与江西九华药业有限公司、江西润泽药业有限公司、江西保利制药有限公司等企业，实行企业新型学徒制人才培养共育药物制剂专业人才；与空军总医院、江西省人民医院、江西省中医院、赣州市人民医院等省内外150余家医院、企业建立了长期稳定的实习就业协作关系。目前，药学类专业社会需求旺盛，学生就业率保持在90%以上。

药学系坚持“以赛促建，以赛促教，以赛促学，以赛促改”，形成了校赛、省赛、国赛三赛一体的学生竞赛体系，组建了中药传统技能、化学实验技术、创新创业等竞赛辅导团队。近五年，学生在全国职业院校技能大赛中药传统技能赛项荣获二等奖1个、三等奖1个，江西省职业院校技能大赛中药传统技能赛项荣获一等奖3个、二等奖7个、三等奖2个，在江西省“振兴杯“技能大赛上获奖10人次，在江西省大学生创新创业大赛上荣获银奖1项、铜奖1项，参赛学生毕业后在中医药行业发展良好。